《口袋妖怪》系列之前曾经推出过“红、绿”两个版本的GameBoy专用RPG，后来更推出“金、银”等版本与众多相关商品精品等等，可说是非常受到喜爱的一款作品系列。在这次最新作中，除了有新的神奇宝贝登场之外，另外两个版本中登场的神秘组织敌人也都不一样。 虽然在两个版本中准备有同样内容的剧情故事，但各场景的角色、对白都可以各自替换。而且游戏一开始时玩家还可以自由选择主角的性别，依玩家性别不同，另一个性别主角也会以游戏中帮助主角的博士小孩身份登场，并向主角进行口袋妖怪的挑战。